Akademi Pertanian Yogyakarta memiliki berbagai fasilitas untuk mendukung kegiatan yang dilaksanakan oleh dosen maupun mahasiswa. Fasilitas tersebut antara lain :
Laboratorium
Laboratorium yang berfungsi sebagai pendukung kegiatan penelitian/ praktikum antara lain : Laboratorium Tanah; Laboratorium Agronomi; Laboratorium Bioteknologi; Laboratorium Mikrobiologi; Laboratorium Pengolahan Hasil Pertanian; Laboratorium Komputer
Kebun Percobaan
APTA memiliki 4 kebun percobaan yang digunakan untuk penelitian, praktik, maupun kegiatan unit mahasiswa di lapangan.
Perpustakaan dan Layanan IT
Perpustakaan sebagai pusat sumber belajar, pusat sumber informasi dan pusat bacaan rekreasi dan pengisi waktu senggang. Didukung akses internet dan layanan IT dlingkungan kampus APTA
